Story

Subnautica speelt zich af in een verre ruimtevaart toekomst.
De Aurora, een door de Alterra Corporation gebouwd ruimteschip,
is op zijn eerste reis naar een stelsel aan de rand van de bekende ruimte
gestuurd onder het voorwendsel dat het een infrastructuur voor hogesnelheidsruimtevaart zou bouwen.
De bemanning weet niet dat het schip ook naar het stelsel is gestuurd om
de bemanning van een schip met de naam Degasi, dat tien jaar eerder op de planeet 4546B is neergestort,
te zoeken en mogelijk te redden.

Terwijl de Aurora een zwaartekrachtslinger rond 4546B maakt,
wordt het aangevallen door een mysterieuze energiepuls en stort het neer op de planeet.
Verschillende bemanningsleden slagen erin het schip te verlaten in ontsnappingscapsules,
maar alleen de speler - de chef onderhoud systemen Ryley Robinson - overleeft.

In die tijd repareert Ryley de radio in zijn reddingscapsule en krijgt hij
berichten door van een handelsschip genaamd Sunbeam, geleid door kapitein Avery Quinn.
Quinn praat met Ryley en zegt dat Sunbeam aan de andere kant van Andromeda is,
maar belooft Ryley naar huis te brengen en zegt dat ze hem zullen oppikken
bij de landing site op een eiland.
Als de Sunbeam naar beneden vliegt, wordt hij beschoten door een gigantische
buitenaardse faciliteit die in de lucht ontploft terwijl Ryley toekijkt.
Als de speler erin slaagt de faciliteit uit te schakelen voordat de Sunbeam landt,
vertelt Quinn Ryley dat ze niet kunnen landen vanwege een puinveld en dat hij
in plaats daarvan Alterra Corporation zal informeren over de situatie.

Ryley vindt verslagen van de bemanning van de Degasi waarin staat dat slechts
drie de eerste crash hebben overleefd, maar later wordt bevestigd dat twee
van de drie dood zijn en één wordt verondersteld dood te zijn.
Ryley verneemt ook van het bestaan van de 'Precursors',
een oude, geavanceerde buitenaardse soort die ongeveer duizend jaar geleden naar
planeet 4546B kwam op zoek naar een geneesmiddel voor een zeer besmettelijke ziekte,
bekend als de Kharaa-bacterie. De Precursors ontdekten Kharaa tijdens de verkenning
van een onbekende planeet, en de ziekte verspreidde zich door een fout in de quarantaineprocedures,
waardoor meer dan 140 miljard mensen stierven. Toen ze duizenden planeten onderzochten
in een poging een geneesmiddel te vinden, vonden de Precursors uiteindelijk een organisme
op 4546B dat ze de Sea Emperor Leviathan noemden en dat een enzym produceerde dat Kharaa kon genezen.
De enige levende Sea Emperor was echter te oud om het enzym krachtig genoeg te produceren om effect te verzachten,
en de Precursors konden de enige eieren niet tot uitkomen dwingen.
In een poging het uitbroedproces van de Sea Emperor te onderzoeken,
namen de Precursors het ei van een verwante Leviathan, de Seadragon,
maar de moeder vernietigde een onderzoeksfaciliteit van de Precursors en liet monsters van
Kharaa los in het ecosysteem van de planeet. De Precursors werden gedwongen te evacueren en maakten
een faciliteit mogelijk die bekend staat als het Quarantaine Enforcement Platform,
dat bestaat uit een groot wapen dat vuurt op alle schepen die proberen de planeet te verlaten of er te landen
- waaronder de Degasi, Aurora en Sunbeam.

De Sea Emperor, die de vrijheid van haar kinderen zoekt, communiceert telepathisch met Ryley en helpt hem
de gevangenis te ontdekken waarin zij gevangen wordt gehouden.
Ze geeft Ryley informatie over hoe hij haar eieren kan uitbroeden.
Hij doet dat en wordt genezen door het enzym dat de jonge Sea Emperors produceren.
Ryley schakelt vervolgens het Quarantaine Handhavingsplatform uit
(alleen te bereiken door iemand die niet met Kharaa is besmet)
en bouwt een raket met blauwdrukken die door Alterra Corporation naar de neergestorte Aurora zijn gestuurd.
Nadat hij van de planeet is ontsnapt, communiceert de Sea Emperor een laatste keer met Ryley, waarbij hij belooft dat de twee "samen gaan", hoewel ze verschillend zijn.